Zbiory Specjalne to zespół różnorodnych materiałów zarówno pod względem problemowym jak i techniki wykonania, wydzielonych ze zbiorów bibliotecznych.

Ich zawartość stanowią: fotografie i negatywy fotograficzne, albumy, widokówki, maszynopisy, rękopisy,  mapy, atlasy, wydawnictwa okolicznościowe i druki, afisze, plakaty, reportaże, wycinki prasowe, varia.

Do najcenniejszych, zarówno ze względu  na wartości historyczno-dokumentacyjne jak i artystyczne należą:

• kolekcja starych fotografii wykonanych przez Awita Szuberta (autor najstarszych zdjęć wielickiej kopalni z 1892 r.), Jana Czerneckiego, Władysława Gargula, Stanisława Muchę, Henryka Poddębskiego przedstawiających dawną zabudowę Wieliczki, jej mieszkańców, wydarzenia kulturalno-polityczne w mieście, kopalnie soli w Wieliczce, Bochni i na świecie

• zbiór widokówek (najstarsza z 1900 r.) oraz albumy fotograficzne o tematyce wielickiej z przełomu XIX/XX w.
• dyplomy okolicznościowe, bogato zdobione, często ręcznie malowane, m.in.honorowego obywatelstwa dla starosty wielickiego Leopolda Płazińskiego (1878 r.), wojewody krakowskiego Tadeusza Piekarza (1993 r.), ks. kardynała Franciszka, Macharskiego (1995 r.), honorowego członkostwa Polskiego Tow. Gimnastycznego „Sokół” dla naczelnika salin Sylwerego Miszke
• pamiętniki związane z dziejami miasta i losami Wieliczan, w tym niezwykle cenny  ze względu na ogrom różnorodnych informacji maszynopis Franciszka Widomskiego.